Uma solução baseada em nuvem tem a vantagem de custos de hardware reduzidos, atualização de software mais simples e arquitetura de software mais moderna. Isso geralmente proporciona maior confiabilidade, opções de integração e velocidade. Softwares baseados em nuvem não têm o mesmo histórico de programas baseados em servidor e, para alguns, isso levanta algumas dúvidas sobre segurança. Mesmo assim, problemas com segurança de dados são raros nas opções de nuvem. No entanto, a versatilidade de acesso em diferentes dispositivos e em diferentes locais é um grande atrativo para muitos. Acesso confiável à internet com fio, Wi-Fi ou internet móvel é um requisito absoluto.
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Bons servidores são necessários para executar bons softwares para uma boa experiência do usuário – Servidores locais (computadores no consultório) dão tranquilidade a alguns médicos e têm a vantagem de velocidade de processamento confiável que não depende da velocidade da internet. Isso pode permitir a transferência rápida de imagens e dados de dispositivos para o software (pense em fotografia de retina ou exames de ressonância magnética). Essa tranquilidade pode, no entanto, gerar falsa segurança, já que servidores locais ainda exigem manutenção e um cronograma de backup seguro. Qualquer coisa que não seja um backup externo para uma máquina geograficamente separada provavelmente não atende aos requisitos mínimos de segurança de dados. Recomendamos que a manutenção e o backup programados sejam fornecidos por um contratado (serviço de TI) em vez de serem perdidos inadvertidamente por acidente ou corrompidos por funcionários tecnicamente desavisados. Servidores locais podem ter funcionalidade externa limitada, dependendo da qualidade do servidor e da velocidade da internet no local.
Vários fornecedores possuem produtos que operam apenas na nuvem. Existem também pacotes de software baseados em servidor que podem ser hospedados na nuvem (servidor de terminal) e configurados para serem acessados de vários sites diferentes. Os fornecedores tradicionais têm produtos muito bons e maduros que operam bem em servidores locais, mas podem apresentar restrições ao tentar usá-los em vários sites.